Время действия - чуть более 25 лет спустя окончания событий фильма "Матрица: Революция". Сюжет такой: люди из подземного города Зиона соединяются с частью людей, вышедших из Матрицы, и отправляются на своих летающих кораблях в Новый Город Зион, расположенный на поверхности Земли на северо-востоке Африки, где-то на территории бывшей современной Эфиопии.