Планета, обнаруженная колониальным флотом "Макросс Фронтир" успешно колонизирована и вот уже двадцать лет благополучно развивается, оберегаемая от опасностей пилотами Академии и стаями Вайра. Герои, защитившие мир, познали покой и счастье, а их дети только встают на тернистый путь приключений и опасностей... Но, благополучие оказывается нарушено внезапным нападением, которое представляет собой лишь внешнюю и самую очевидную сторону опасности, вновь угрожающей Фронтиру.