После того, как Лю-Кенг, Соня и Джакс помешали слиянию миров, появляется великий волшебник - Куан Чи.Он открывает портал для полного разрушения земного царства.Лорд Рэйден, ныне старший бог, приходит в ярость от этого и собирает всех героев ещё раз.Он решает оживляет Джонни Кейджа, и тот присоединяется к бойцам.