Доктор Блоухол создаёт мегамощное изобретение. Пингвины пытаются его остановить, но он активирует своё изобретение. Он берёт себе в помощники Шер Хана, Надакхана и Тай Лунга и устраивает апокалипсис. Шкипера переносит на полгода вперёд. Остальные пингвины погибли и теперь ему нужно собрать новую команду и победить врагов!