Проходит чуть больше года после ухода Атема в загробный мир. В Королевстве Дуэлянтов вновь проводится турнир, куда попадают по особому приглашению, хотя большинство участников - обычные школьники. А победителя ожидает почётный приз. Юги, пораженный утратой близкого друга и навечно отказавшийся от Дуэльных Монстров отправляется в путешествие лишь для того, чтобы найти свою награду - душу Фараона.